গুমের শিকার অনেকেই হত্যার শিকার হয়েছে বলে প্রমাণ পাওয়ার কথা জানিয়েছে গুম কমিশন। অধিকাংশ ক্ষেত্রে ভিকটিমদের মাথায় গুলি করে মেরে ফেলা হতো এরপর মৃতদেহ সিমেন্টের ব্যাগের সাথে বেধে নদীতে ফেলে দেওয়া হতো যেন মৃতদেহ ডুবে যায়।

যেসব নদীতে এসব লাশ গুম করা হতো, তার মধ্যে রয়েছে বুড়িগঙ্গা ও শীতলক্ষ্যা নদী। সেজন্য কাঞ্চন ব্রিজ ও পোস্তগোলা ব্রিজ ব্যবহার করা হতো।

এক সাক্ষীর বরাতে কমিশন জানিয়েছেন, র‍্যাবের একটি "ওরিয়েন্টেশন" সেশনে তাকে দুজন ভিকটিমকে গুলি করে হত্যার ঘটনা দেখানো হয়েছিল।

এক সেনা সদস্য, যিনি র‍্যাবের গোয়েন্দা শাখায় কর্মরত ছিলেন, তার বরাতে গুম কমিশন জানিয়েছে যে এক ভুক্তভোগী নদীতে ঝাঁপিয়ে পালানোর চেষ্টা করেছিলেন। তাকে উদ্ধারের পর, সেখানেই গুলি করে হত্যা করা হয়।

আরেকটি ঘটনার বর্ণনা দিতে গিয়ে, এক সেনা সদস্য জানান, তাকে একটি লাশ নিয়ে ঢাকার রেললাইনের ওপরে রেখে ট্রেনের অপেক্ষা করতে বলা হয় যেন ট্রেনের চাপায় লাশটি ছিন্নবিচ্ছিন্ন হয়ে যায়।

এমনকি আরেক ভুক্তভোগীকে সড়কে চলন্ত গাড়ির সামনে ফেলে দেওয়ার হলেও গাড়িটি পাশ কেটে যাওয়ায় তিনি প্রাণে বেঁচে যান।

গুমের ঘটনাগুলো বিভিন্ন বাহিনী আলাদাভাবে ও সুসংগঠিত উপায়ে পরিচালনা করতো বলে গুম কমিশনের প্রতিবেদনে উঠে এসেছে অর্থাৎ, এক দল অপহরণ করলে, অন্য দল আটকের কাজ করতো এবং তৃতীয় দল হত্যা বা মুক্তি দিতো।

অনেক সময় যারা এসব কাজে সম্পৃক্ত ছিলেন তারা জানতেনও না তারা কাকে এবং কেন হত্যা বা নির্যাতন করছে।